Le premier niveau du ministère, « présidence », est composé, comme son nom le suggère, des bureaux du ministre de la Magie. On y trouve également certains services administratifs.

Le deuxième niveau est dénommé « Département de la Justice Magique ». Y sont notamment localisés le quartier général des aurors, qui est une vaste pièce divisée en boxes ; mais également le service des usages abusifs de la magie ainsi que les services administratifs du Magenmagot.

Le « Département des Accidents et Catastrophes Magiques », situé au niveau trois, est composé de la Brigade de réparation des accidents de sorcellerie, des Forces des tâches invisibles - au sein desquelles sont étudiées les différentes forme de magie d’invisibilité - , du Comité des inventions d'excuses à l'usage des Moldus et enfin du quartier général des Oubliators.

Le quatrième niveau, dit « Département de contrôle et régulation des créatures magiques » se concentre principalement sur les animaux tels que les centaures ou les créatures dangereuses. On y analyse également les êtres à l’instar des gobelins ainsi que les esprits. C’est ici que se trouve, enfin, le bureau de désinformation.

Le cinquième niveau est intitulé « Département de la coopération magique internationale ». Il s’intéresse, comme son nom l’indique, aux liens magiques avec l’étranger. Ce département regroupe La Confédération internationale des sorciers (section Britannique), le Bureau international des lois magiques et l'Organisation internationale du commerce magique.

Le niveau six est le « Département des transports magiques ». Il contient un centre d'essai de transplanage, le service de régulation des balais, la régie autonome des transports par cheminée ainsi que l’office des portoloins.

Le « Département des jeux et sports magiques » est situé au niveau sept. On lui attribue sans mal un réel manque d’hygiène que même les affiches de Quidditch accrochées aux murs ne peuvent masquer. Il se compose du siège des ligues britannique et irlandaise de Quidditch, du Club officiel des Bavboules et enfin du bureau des brevets saugrenus

Le niveau huit n’est autre que l’ « Atrium », spacieux hall dans lequel sont aménagés des cheminées le long de chaque mur. Celles à gauche de l’entrée sont destinées à l’arrivée des sorciers, celles à droite sont utilisées pour repartir. Cette pièce est joliment décorée, à commencer par la fontaine de la fraternité magique qui se trouve en son centre. On distingue également des statues d’or représentant un sorcier, une sorcière, un centaure, un gobelin et un elfe de maison.

Le niveau neuf, dit « Département des mystères » est accessible grâce aux ascenseurs de l’Atrium. Il suffit ensuite d’emprunter un simple couloir qui mène à une porte noire, qui représente l’entrée. Celle-ci donne sur une pièce circulaire comprenant douze portes noires et identiques tout autour, et éclairée par des chandeliers aux flammes bleues. Une fois refermée, la porte empruntée disparaît et le mur tourne, de manière à ce que l’on ne puisse plus dissocier aucune porte des autres. Les portes choisies aléatoirement donnent alors accès à l’une des pièces des mystères, à l’instar de la salle de l’amour, celle des cerveaux ou encore, pour les moins chanceux, à la salle de la mort.

L’ultime niveau du ministère de la magie, le dixième étage, n’est accessible que via les escaliers à gauche de la porte menant au « Département des mystères ». Ses couloirs sont composés de murs de pierre brute et pourvus de torches, de telle sorte que l’on croirait pénétrer dans des cachots. L’un d’entre eux mène à la salle d’audience n°10 aux murs de pierre noire, et au centre de laquelle est disposée une chaise couverte de chaines et surplombées par de larges gradins destinés à recevoir le Magenmagot.